BLACK HOLE / MODEL GUIDE

Uni-Mol 分子模型:结构表示与科学计算

先区分四类任务:Uni-Mol / Uni-Mol2 学习三维分子表示,Uni-Mol+ 预测量子化学性质,Docking V2 预测配体结合构象,Uni-Mol3 研究多分子反应。输入、检查点和许可按各分支核对,不能视为统一聊天接口。

资料核对:2026-10-25 · 整理:黑洞智能体

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按任务选择

  1. 1

    先确定输出是分子表示、数值性质、结合构象还是反应预测,再准备相应的 SMILES、原子坐标、蛋白/配体与任务数据。

  2. 2

    逐项匹配检查点、字典和预处理。含氢与无氢、分子与口袋、预训练与微调是不同配置,不因同一名称前缀认定可以互换。

  3. 3

    在独立留出数据上评估所需误差与适用范围;构象还需检查物理和化学合理性,模型预测与实验结果分别验证。

模型条目与用途

Uni-Mol / Uni-Mol2

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从分子原子、连接关系与三维构象学习表示,用于分子性质预测及相应下游微调研究。

研发归属
DP Technology 与论文列明的北京大学等合作机构;具体作者和机构以所选论文版本为准。
获取方式
官方仓库、Uni-Mol Tools 文档及 dptech 模型库提供版本选择和权重入口。本轮核对了公开文件清单,未下载检查点、安装项目或运行推理。
使用条件

代码仓库采用 MIT;本次核对的 Uni-Mol-Models 与 Uni-Mol2 模型卡也标注 MIT,但 Uni-Mol2 卡片没有说明正文。适用范围限所选版本,依赖、数据和其他任务组件需分别核对。

Uni-Mol 与 Uni-Mol2 的结构、字典和输入预处理分别匹配;原始版本的分子与口袋组件不自动代表每个新版都支持相同的结合构象任务。

分子表示与性质预测不等于自然语言检索向量或通用聊天接口;研究数据上的模型输出也不是实验或临床验证结果。

Uni-Mol+

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从初始分子构象迭代预测目标几何结构及量子化学性质,并研究相应的分子与催化数据任务。

研发归属
DP Technology 与北京大学论文作者团队。
获取方式
官方项目列出 PCQM4MV2 与 OC20 任务路径;v0.2 发布页的四个检查点已核对文件元数据,未下载或运行。
使用条件

代码项目声明 MIT;检查点文件、训练数据和依赖的具体适用条款需分别核对,发布页文件清单不构成所有用途均无约束的证明。

分子性质与催化体系采用不同数据、架构设置和检查点;大小版本归一族,但不能互换输入或把一种任务的结果套给另一种。

Uni-Mol Docking V2

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给定蛋白结构、配体和对接网格,预测配体结合构象;输出为相应结构文件。

研发归属
DP Technology 与 AI for Science Institute 北京作者团队。
获取方式
官方项目列出 Dropbox 检查点和 Bohrium 服务入口。本轮确认文档中的链接,未核实存储端文件列表、访问条件、实际下载或在线服务。
使用条件

项目代码声明 MIT;本轮未取得下载检查点的独立许可说明,也未核实 Bohrium 服务条款。代码许可不自动代替权重或服务许可。

输入需要正确准备的 PDB、SDF 与网格参数;后处理和立体化学、碰撞检查是不同步骤,不把模型结构输出解释为已验证的结合活性。

Uni-Mol3

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结合分子表示和反应预训练,研究多分子体系的产物、逆合成、条件与收率预测。

研发归属
DP Technology、AI for Science Institute 与北京大学论文作者团队。
获取方式
作者项目列出 Uni-Mol2 组件以及分词器、预训练和微调检查点的 Google Drive 入口;本次仅确认文档,未核实这些存储端文件、下载权限或运行结果。
使用条件

作者项目自身 LICENSE 为 MIT;README 的许可链接指向另一 Uni-Mol 仓库,不能代替本项目原文。具体权重许可未单独核实;Pistachio 数据需另有正式访问许可,不能据代码公开认定数据可自由分发。

Uni-Mol2 组件、分词器、分子预训练、反应预训练及任务微调分别选择;不同阶段和任务检查点不重复计数,也不保证跨任务互换。

接入方式与本站目录

本站目录尚未列出 Uni-Mol 接口。请从下方官方仓库和模型库核对所选版本、依赖与运行步骤;本轮未测试部署或服务。

使用前需要核对

  • 本专题未复现实验或基准,不给出性能排名,也不把原始论文、代码、模型和数据的许可混为一项。

原始资料

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