BLACK HOLE / MODEL GUIDE
清华大学智能产业研究院的相关团队与水木分子公开了多类生物医学研究模型，涵盖文本与分子理解、单细胞表示和蛋白质建模。MolFM、CellLM 的论文署名为清华 AIR，DrugFM 由清华 AIR 与智源联合研发；各条目保留具体归属，OpenBioMed 工具集本身不计为模型。 本中心还收录具有不同合作署名的 MolCRAFT 系列与 SToFM，具体团队见各条目。
资料核对：2026-10-22 · 整理：黑洞智能体
先确定数据是自然语言、分子结构、单细胞矩阵还是蛋白质序列，再选择对应模型。
比较研究结果时，固定数据划分和评价指标，并由领域人员复核解释。
逐一检查模型权重、基座和公开服务限制，不能把工具集 MIT 许可当作全部权重授权。
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研究生物医学文本与分子、蛋白质信息的联合理解。
LM-7B 模型卡标注 Apache-2.0，但还须核对 Llama-2 基座及项目可接受使用政策。项目明确 BioMedGPT 不得向公众提供服务；R1 权重有申请门槛，本次未接受条款。Mol 卡的权重许可未明确确认。
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研究利用文本描述辅助细胞身份识别。
实现仓库为 MIT；模型检查点由独立下载链接提供，本次未确认覆盖全部检查点的专用商业许可。
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研究原子层面的分子建模和构象预测。
OpenBioMed 代码采用 MIT，权重通过清华云盘提供；本次未确认独立权重许可，不能按代码许可承诺商用。
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研究分子表示与跨模态检索。
官方入口随 OpenBioMed 提供，代码为 MIT；本次未确认 DrugFM 检查点的独立许可，UniMAP 等组件条款需分别确认。
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研究蛋白质序列与结构的联合建模。
模型有独立检查点入口；本次未确认检查点专用许可。OpenBioMed 的代码许可不自动赋予全部蛋白质模型权重的使用权。
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研究分子结构、文献与知识图谱之间的表示对齐。
研究实现随 OpenBioMed 发布，仓库代码 MIT；本次未确认单独的 MolFM 权重许可或其全部预训练组件条款。
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研究单细胞转录组表示与细胞类型标注。
公开实现由 OpenBioMed 承载，代码 MIT；权重由网盘单独提供，本次未确认专门模型许可。
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研究蛋白质变异信息的文本解释。
MutaPLM 模型卡标注 Apache-2.0；运行依赖 ESM2 与 BioMedGPT-LM，应同时核对这些基座及其限制，不能仅据标签判断整套系统可公开服务。
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研究依托结构信息的分子生成与构象建模。
官方仓库许可为 CC-BY-NC-SA-4.0，含非商业及相同方式共享条件；检查点链接不等同于额外商业授权，数据与依赖条款需另查。
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研究保留组织空间信息的细胞表示。
实现仓库 MIT；细胞编码器和 SE(2)-Transformer 检查点由独立网盘提供，本次未确认专用权重许可。论文 CC-BY-4.0 不等同于权重许可，Geneformer 组件也须核查。
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